在农业的部获得登记的生物有机肥生产企业，基本上以从事微生物肥料生产为主，在发酵生产工艺上，多采用槽式堆置发酵法，还有其他的发酵方法，如：平地堆置发酵法、发酵槽发酵法、密封仓式发酵法等在生产中也得到了应用。在发酵腐熟过程中物料的水分、碳氮比、温度等的调节及腐熟剂的使用是生产工艺的关键，特别是菌剂的应用直接影响着物料发酵的周期及腐熟程度。经过腐熟的物料基本实现了产品的无害化，从而也有利于后处理过程中所加入功能菌的存活。

与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。

与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。

生物有机肥质量的优劣主要取决于其中所含益生菌的作用强度和活菌数量， 目前生物有机肥的生产中通常使用活性强且耐高温、高渗、干旱等抗逆性较强的菌，且在生产过程中要考虑各种菌剂之间的相互作用，不可随意混合。根据微生物在生产中的作用可分为发酵菌和功能菌。发酵菌多由复合菌系组成，具有促进物料分解、腐熟、除臭的功能，常用菌有酵母菌、光合细菌、乳酸菌、青霉、木霉、根霉等；功能菌是指能在产品中发挥特定的肥料效应的微生物，以固氮菌、溶磷菌、硅酸盐细菌等为主，在物料腐熟后加入。